Chùa Ngọc Hoàng trước đây được gọi là chùa Đa Kao. Nhưng có lẽ, cái tên chùa Ngọc Hoàng khắc sâu trong tâm thức người Sài Gòn là do từ thế kỷ 19, chùa vốn là một điện thờ Ngọc Hoàng Thượng Đế. Lúc bấy giờ, đây là địa chỉ duy nhất thờ Ngọc Hoàng ở Sài Gòn. Mãi đến năm 1984 (có tài liệu ghi là 1982), điện Ngọc Hoàng mới được đổi tên là Phước Hải Tự.
Tương truyền, Chùa được một người Quảng Đông (Trung Quốc) tên là Lưu Minh xây dựng. Do đó, chùa có kiến trúc theo kiểu đền chùa cổ Trung Hoa, được xây bằng gạch, mái ngói âm dương, góc mái được lợp từ gốm. Trong chùa còn có nhiều tranh thờ, tượng thờ, câu liễn,… bằng gỗ, gốm, giấy bồi có giá trị nghệ thuật và lịch sử cao.
Đến chùa Ngọc Hoàng, ngoài cầu Ngọc Hoàng độ sự bình an, cầu Thần Tài độ tài lộc, khách hành hương Phật giáo viếng chùa (đặc biệt là nữ) còn dâng nhang dầu đến nơi thờ Kim Hoa thánh mẫu và 12 bà mụ để cầu con.
Để cầu được con, nhiều cặp vợ chồng không chỉ làm lễ mà còn phóng sanh một cặp rùa ghi tên tuổi của mình. Nếu cặp rùa mang thai thì lời thỉnh cầu càng linh nghiệm. Đó là lý do khiến hồ rùa ngày càng có nhiều “cư dân”. Thậm chí trong hồ còn có cả những cụ rùa trên dưới 100 tuổi.
Ngoài ra, người đến viếng chùa cũng thường phóng sanh nhiều loài vật khác tùy theo điều mình muốn cầu xin. Họ thả cá chép để cầu tài lộc, thả cá trê, cá rô để cầu sức khỏe bình an và giải hạn, phóng sanh chim để cầu siêu,…
Trong chuyến thăm tới Việt Nam vào tháng 5/2016, ngay sau khi đáp xuống sân bay Tân Sơn Nhất, điểm đến đầu tiên của Tổng thống Mỹ Barack Obama tại TP HCM chính là chùa Ngọc Hoàng.
Sự linh nghiệm của chùa Ngọc Hoàng đã được truyền miệng qua nhiều người từ nhiều thế hệ trước, cho nên mỗi ngày có rất nhiều du khách và Phật tử đến chiêm bái chùa. Nếu muốn tham gia vào không khí lễ hội, bạn có thể đến chùa vào ngày vía Ngọc Hoàng hàng năm (9 tháng Giêng). Còn nếu muốn tìm về sự yên bình và tĩnh lặng nơi cửa Phật, bạn hãy chọn một ngày thường, không lễ, cũng không rằm, thăm từng điện thờ rồi dừng lại ngồi dưới bóng cây đa trăm tuổi nơi sân chùa, chiêm ngưỡng từng ngóc ngách thời gian của một trong những ngôi chùa cổ nhất Sài Gòn.